نواب از پیشتازان مبارزات مسلحانه بر علیه رژیم پهلوی بود وی با ظهور احمد کسروی جهت مبارزه با تفکرات وی از نجف به ایران آمد. قتل کسروی، عبدالحسین هژیر، علی رزم‎آرا و حسین علاء از جمله فعالیت‎های سیاسی و مبتنی بر عقاید مذهبی نواب صفوی و فدائیان اسلام به شمار می‎رود. برخی از نویسندگان تاریخ معاصر، تلاش‎های نواب صفوی و یارانش را در پیروزی جنبش ملی شدن صنعت نفت ایران موثر دانسته‌اند.
مخالفت با اقدامات دولت دکتر مصدق به دلیل عدم عمل به احکام اسلامی از دیگر فعالیت‎های وی بود که حبس را برای سید مجتبی در پی داشت. کتاب «جامعه و حکومت اسلامی» از آثار نواب صفوی است. وی در دوران فعالیت سیاسی خود سفرهایی به اردن و مصر داشت که طی آن در دانشگاه الازهر سخنرانی کرده و با ملک حسین پادشاه اردن ملاقات داشته است.
رهبر فدائیان اسلام و برخی از یارانش در تاریخ ۲۷ دی ماه ۱۳۳۴ش توسط رژیم پهلوی اعدام شدند.