بیشتر مورخان گفته اند که سال تولدش ۵۷ قمری بوده است. بنابراین وی چهار سال پیش از واقعه کربلا به دنیا آمد و همراه پدر بزرگوارش در این واقعه جانسوز حضور داشت. پدرش امام علی بن الحسین علیه‌السلام معروف به سجاد و زین العابدین و مادرش فاطمه بنت الحسن المجتبی علیه‌السلام معروف به ام‌ الحسن و ام‌ عبدالله می‌ باشند.

چون نَسَب شریف امام محمدباقر علیه‌السلام هم از پدر و هم از مادر به امام امیرالمومنین علیه‌السلام و حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها می‌ رسد، به ایشان علوی بین علویین و فاطمی بین فاطمیین گفته می‌ شود. امام محمد بن علی علیه‌السلام مکنی به ابوجعفر و ملقب به باقرالعلم و باقرالعلوم می‌ باشد.

این امام همام پس از شهادت پدر ارجمندش امام زین العابدین علیه‌السلام در سال ۹۵ قمری به مقام عظمای ولایت و امامت شیعیان نایل شد و پیروان اهل بیت علیهم‌السلام را در آن دریای مواج سیاسی و نظامی عصر خویش و هرج و مرج‌ های آخر حکومت امویان به نیکی هدایت و رهبری کرد. با این که میان رحلت پیامبر صلی الله علیه و آله و تولد امام محمدباقر علیه‌السلام به مدت ۴۷ سال فاصله بود، در عین حال آن حضرت، سلام گرم و دلنشین پیامبر صلی الله علیه و آله را از سوی جابربن عبدالله انصاری دریافت کرد.

جابر بن عبدالله که یکی از یاران رسول خدا صلی الله علیه و آله و از محبان اهل بیت علیهم‌السلام بود در سنین کودکی و نوجوانی امام محمدباقر علیه‌السلام، وی را در آغوش گرفت و سلام پیامبر صلی الله علیه و آله را به وی ابلاغ کرد. امام محمدباقر علیه‌السلام از آغاز زندگی تا شهادت خویش با ۱۱ تن از خلفا معاصر بود که همه آنان، جز یکی، از طایفه خبیثه بنی‌ امیه بودند.

سرانجام این امام همام در هفتم ذی الحجه و به روایتی در ربیع الاول سال ۱۱۴ قمری در ۵۷ سالگی به وسیله زهری که ابراهیم بن ولید بن عبدالملک در ایام خلافت هشام بن عبدالملک به آن حضرت خورانیده بود به شهادت رسید و در قبرستان بقیع، در کنار پدرش امام زین العابدین علیه‌السلام و جد مادری‌ اش امام حسن مجتبی علیه‌السلام به خاک سپرده شد.