این معاونت از آنجا که خود را خدمتگزار  قشر آینده‌ساز مملکت می‌داند و با  این‌ باور که نیروهای پرورش یافته دانشگاه باید افرادی متدین، متعهد، متخلق، متفکر، فداکار، دغدغه‌مند و خلاق با  قدرت تجزیه و تحلیل بالا و برخوردار از احساس مسؤولیت نسبت به سرنوشت خود و دیگران باشند، تلاش می‌کند بستری مناسب برای پرورش دانشجویان در ابعاد جسمی، معنوی و فکری بر پایه آموزه‌های دینی فراهم آورد.

معاونت فرهنگی و دانشجویی وزارت بهداشت خود را متعهد به تأمین نیازهای فرهنگی، معیشتی و ورزشی دانشجویان علوم پزشکی کشور دانسته و رسالت خود را افزایش سطح مشارکت‌های سیاسی، اجتماعی، علمی و ورزشی دانشجویان علوم پزشکی کشور در قالب توسعه و حمایت از نهادهای دانشجویی نظیر "انجمن‌های علمی"، "کانون‌های فرهنگی"، "تشکلهای اسلامی" و "نشریات دانشجویی" و "شوراهای صنفی" دانشجویان می‌داند و در این راستا توسعه زیرساخت‌های لازم از جمله خوابگاه‌های دانشجویی استاندارد،  فضاهای فرهنگی و اماکن ورزشی را امری اجتناب‌ناپذیر می‌داند.

ساختار منابع انسانی این معاونت بر مبنای "اداره‌کل فرهنگی"، "اداره کل دانشجویی"، "اداره کل قرآن و عترت" ، " سه نفر مشاور"، "مدیریت روابط عمومی" ، "مدیریت نظارت، راهبری، و ارزیابی" و "شورای مرکزی انضباطی دانشجویان علوم پزشکی" استوار است.